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Evolutionary RNA Designer

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Structure in dataset A (RNA-SSD dataset)

AccesionStructure
Rhizobiaceae group bacterium NR64 (Z83250) .((((.....(((.(.......((.((((....)))).))..(((((.(((.......(((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...)))).....(((....)))............))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).)))))...).)))...))))...(((((.(((.....))))))))
Bacterial sp. from marine plankton(L11935) ......(((.(((((((..........(((.((((.....)))).))).((((((((.((((((((((((...((((.((......)).))))..))))))))..)))))))))))).....((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))...))))))).....((....))..)))..((.(((((........))))).))
Leptospira interrogans strain 94-7997013 (LIU92530) ......(((.....))).((((((..(((.........((.(((((....))))).))(((((((.(((........(((((((..((...(((((((((..(..((.((..((....))..)).))...)..).....(((((((((((....)))))))))))............))))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).((((....)))))))).)))...)))....))))))...
Unidentified marine eubacterium (U84629) ....((.(((..((((...(((......(((((.......((((.(.(((.(((((....((((((((((...((((.((......)).))))..)))))))))).....))))).((((((.(((...((((.(((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...))).(((.((....)).))))))).)))))))))...))).....((....))...).))))...((((.........))))...)))))..)))..))))...))).)).........
Anabaena uncultured bacterium SY2-21 (AF107506) ...(((((((....((.(((........))))).(((((.......)))))..))))))).(((((....))))).(((((.(((.(((.......(((((((..(((.(((.((((.(((.((...((((((....))))))......((.....((((....))))...)).)).)))))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).)))...((......)).))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))....((.((.(((....))).)).)).
Ochrobactrum sp. BL200-8 (AF106618) .((((((...(((..(((((....(((((....)))))))))).....(((((......((((((.....((((.(((...((((....))))..)))....))))...))))))....((((..((((.....))))..)))).)))))..(((((..((((.(....).)))).)))))..))).)))))).((((....(((((..((....))..)))))...((((..((..(((((..(((((....((((((.((((..((....)).)))))))).))..)))))..)))))..))..))))....))))......((((((((((....))))))))))..
uncultured eubacterium 3-25 (AJ011149) .....(((((.(((.......(((((((..((...(((((((((((......((((((....))))))......))).....(((....)))............))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).))))).((((....((((((......)).))))...((((((((..((((....))))......((((((....))))))....(((....)))...(((((....((.(....).).)....)))))))))))))...)))).(((((((((...................)))))))))..(((....)))......
Prevotella ruminicola M384 (S70838) ..((((..(((((((...(((...(((((((((.....))))))))).((((((((..((.(.(((((..(((((.((((..(((((((..(....((((((.....))))))..)..)))))))...)))).))).))..)))))....(((((.((((.((((((((((((((......))))...))))))))))....)))).)))))..(((.((((....))))))).....).)).))))))))......(((((((...........)))))))..)))..))))..))).......((((((..((((..(((((....)))))..))))...((....)).....))))))...))))......(((((....))))).
Unidentified crenarchaeote (U63350) .((((((.(((((.((.((((..(((((........)))))..((.(((..((((.((((...(((.(((..((((((..((...(((((((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.((......))))))))))).....(((((((((........))))))))).))))))).)))))))))))...))..))))))(((((((.......))))))).)))))).)))).....))))..))).))....)))).))..(((((.((......)).))))).((((....))))..)))))..(((.......)))..(((((....)))))..)))))).....(((.(((((((.....)))))))..)))..
Uncultured eubacterium clone CRE-FL72 (AF141485) (((((...((((..((..(((((..(((.(((.((((.(((...)))(((((((((....)))))))))..))))..))))))...)))))......((((((((..((...(((((((.((((..((..(((((....)))))..))...))))...((((((...((((....))))...))))))..((....)).)))))))..)))))))))).))..)))).(((((((.((((...(((((....)))))(((.(((...((((((((....))))...(((((...(((((.(((.....))))))))..(((....))))))))))))........(((((...(((((....))))).))))).....))))))((((....((((((....))))))...)))).....(((((................)))))........)))).))))))).))).))
Unidentified eubacterium clone vadinIA59 (U81771) .....((..(((((((.((..((((((((...))))))))..))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))......)).((((((((....))))...(((((((((((...((((........))))........(((((((.....(((((((((..(((((((....))))))).((....)))))))))))..((((((.....(((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((...((..(((......))).))...)))))))..((..((((....))))..))......))))..)))).)))..)))))).........)))))))..))).)))))))).....(((((((...((((...((..((((....))))..))...))))....)))))))...))))....
Stenotrophomonas isolate P-26-14 (AJ130779) ...(((((((.(((((((((...(((.(((..((((((..(((..(((......((((..((.((.(...(((((((....))))))).).)).))..))))......))).......((.(((((.......))))))).)))....((((((....))))))....)))))).....(((....)))....((((((..((....))))))))))).)))..)))))).))))))))))...(((((((..(((((..(((((.....(((.((((((((..(((.((((....))))..(((.((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((......(((((...(((((....))))).))))).....)))))))).)))....)))...))))))))...)))(((((.((....)).)))))....)))))..))))).((((((((...((...))..))))).))).))))))).
Nitrobacter sp. Nb4 (AF096836) ....((((((((((((((((((.....((((((....))))))......)))))).(((((...(((((...........((((....(((..(((((..((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........))))))).(((..((..((.....(((((((...((((....)))).......(((((....(((((...(((((....))))).)))))......(((....))).......))))))))))))..))..))..))))))))..))).....))))..(....)......))))).....(((((((((.((....)))))...)))))).)))))......((((((.....)))))).))))))))))))....(((((((....((((((....(((((((..((((....((((..(((((((((.(((((..(.(((((..(((....)))..(((((...((((((((...........)))))))).))))).))))).)..))))).)))))))))....)))).......((.(((((..........))))).))))))...))))))).....))))))..))).))))
Wolbachia pipientis (X61771) .......(((((((((..(((....)))..))))))))).((((((..(.((((......(((((((.(((((..(((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))))...(((....)))...........))))).)))))...)))))))((((((((((..(((((((.((....))))))))))))..)))))))..(((((((.........)))))))..)))).)..(((.(((...((((((..((((((...........))))))....))))))...((((....)))).))))))...))))))...((((......((((.((.(((.(...((((.....(((((................)))))....(((..(((((((..(((((((((.((....)))))...))))))..)))))).)...))).........))))....).))).)).)))).((((((((..(((((((..(....((((((.....))))))..)..)))))))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))).)))))..))))..
Uncultured archaeon ST1-4 (AJ236455) .......((((((....))))))...(((((...((((((.........(((..((((((.((((((...((((((((((.......))))))))))............(((((((((.....))))).)))).)))))).)))))))))...(((((((((...((((((((...(((((((((((((((((((((.((......)).))))).(((((.((.(((......))).))...((((..(..(((((....)))))..((((((.(((..((((.....))))..))).))))))..((((((.......)))))).)...))))..)))))....(((((((..((((...)))).))))))).)))))).((..((((...........((((......((.((...((((((((((.(((((((((...(((((.(((.....))).))))).)))))))))..))))))))))....))))...))))....(((.((((((((((..(((......)))...)))))))))).))).))))..))...)))).))))))...))).))))).))))))))).....(((((((...((...((((.........))))...))))))))).........(((((((.((..((.(((((((.....))))))).))..)).(((.....)))...))))))))))))).))))).(((((....)))))........
Bradyrhizobium isolate 283A (AJ132572) .(((((((((....(((.(((..(((..((.((((((....)))))).))..(((((.(((.......(((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....(((.....)))...........))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).)))))....))).....(((...(((((.(((.....))))))))..(((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..(((..(((..((((((..((((((...(((..(((.(((((................))))).)))..)))...(((.........))).)))))).((......))...))))))..)))..)))..........(((((.....((((.(.((((((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))...((((((((...(((((((.(..((((((((...........))))))))...(((((....((....)).)))))..).)))))))..))))).)))..)))).).))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))............))))).((((((((((((....))))))))))))..(((....)))....
Spirochaeta sp. clone Hs33 (AB015827) ......((((.(((((...))))).))))..(((((((((.((((.....((((((((((((.(((((.((((((...((((((.....))))))..((((((((....(((((((.....(((((((((..(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).))))))).)))).)))))...(((.(((((.....(((((((..((....(((........)))..))..)))))))......(((((((((((.((..((..((.....))..))..))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).))))..(((..(((((....((.((((((............)))))).))..))).))..)))))))).)))....))))))).((..(((((((....)))))))..))..)))))))).)))))))))))..))))))))))))....(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....)))))))..))).)).((((((.....))))))...))))))))))))).(((..(((.((((((...((((((((......(((...((..(((....)))....))...)))......)))))))).((((.((((((((((........)))))))....))).)))).((.(....).)).....)))))))))(((.(((....)))))).)))..
Sulfolobus acidocaldarius (D38777) .(((.(((((.((((((.(((.(.......(((......(((((.(.((((((((((((.(((((((((.....(((((((.....)))))))...)))))))))..))))))))..(((.(((.....((((((((((.((((((((.((((((.....))))))..).))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..)))).).)))))...)))((((((((...((((.((...(((((((((..((((.(((.........(((((((.((..((((((((((.....))))))))))..))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))....))).))))...)))....)))))).)))))).(((((.....)))))...((((((..((.(((.(.((....)).).))).))...))))))....((((.(((((..(((.....)))..)).)))..(((((.(((.((((((.........((.((((......))))))))))))....(((((.((((((((((((..(((((((....))))))))))).))))))))..((.(((((....))))).))..)).)))))).))))).)))).)).))))))....).))).)))))).)))))))).....(((((((((...((((.(((.((((....)))).)))...(((((...(((.((....)).)))..(((((((........))))))).....))))).)))).....(((((((((.....)))))))))......)))))))))....
Unidentified methanogen ARC21 (AF029195) .((((((.((((((..((((...(((......(((((((((((((((.((((...(((((........)))))...)))).(((((.....((((((.........(((((.(((((((((((((((.((((..(((((..((((.((((......((((((.(((.((..((((((((..(((((.(((((((((.......(((((((((..((((.(((((((((((..((((((((.......))))))))))))..))))))).((((((((....)))...)))))....((((((((......)))))))).((((....))))...))))..(.((..((((((...(((((....))))).))))))..)).).....))))))))))))))).))).)))))...........((((((((...)))))))).)))))..((((((...((((...))))..)))))).))))).))).)))))).......(((.((((...((.(((((.((.(((((((((.(((((..(..(...(((((((.....)))))))..)..)..)))))..)))))))))....(((((((..((((((((((.((.(((((((..(((......)))...))))))).)).))).......((....)).))))))).......))))))).....)).))))).))...)))).))).))))))))....)))))....)))).(((((...(((..(.......)..)))..)))))...))))))))))))).)).)))))..(((.((..(.(((...(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...))))..)).))).......)))))))))))...))))))))))))))).....)))...)))).))))))......(((...((((...((((...(((.((((((...((.((((((..((.(((.....))).)).)))))).))...)))))))))))))....)))))))..)))))).......
Planctomyces brasiliensis DSM 5305 (X81949) ....((((....))))(((...(((....)))..((((......((((....)))).....)))).))).((((((.(((..(((..(.(((((.(((((((.......((((......((((((((((.((....))))...))))))))))))...((((((((.......(..(((.......((((.(.((((((((((....((((((((......((((((.....))))))....)))))))).....))))))...((((((((...((((.(((...(((((((((.((((........))))..)))))))))...)))..((.((....)).)).))))..))))).)))..)))).).))))...(((((((...((...((((.........))))...))))))))).........(((((((.(((.((((((((....)))))))).))).(((((....)))))))))))).)))..).((((..((((....))))...))))....))).))))))))))))......((((((.((((((((((....((((.(....).))))........((((((((......((((((.....(((((((....)))))))..((((....))))...)))))).((((..((.(((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((((.((((((.....)))))).)))..))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))))))..))))....))))))))..)).))))))))((((.(((((((.....((((.(((.(((....))).).))...)))).....)))))))...((((....(((((((........))))))).......((((.(((.....(((((((..........)))))))....))))))).)))).))))...))))))..))))).).((((..(((((((..((((..((.((((..(((.....))).)))).))..(((....((((.....))))....)))..........(((((((((....)))))))))))))..)))))))...))))...))).((((((((((....))))))))))..))))))))).
Uncultured archaeon KTK 9A (AJ133622) ...(((..((((.(((((((....((((.(((.((((....(((((.(((((((((((((((..........((((....(((((((....((((((..((.((((((....)))))).))...)))))).((((((((..((......)).))))))))....(((((..((((......((.((((((........((((..(((((((((.....)))))))))))))..........((((((((.......))))))))....(((((((........))))))).((((....))))...)))))).))...((((((...(((((....))))).))))))..((((((((((((((((.....))))))))..((((((((........(((...((((((..(((((.(((((..(((..((((..(((.((((......)))).))..)..))))..)))...))))).)))))....(((((.(.((((((((((((..((((((((....((((((((.....))))))))..))))))))...))))))))...(((((.(..(.((((((((((.((((..(((((.(((......))).).))))..)))).))).......((....)).))))))).)..).)))))..)))).).)))))..((((((((..((...((((.........))))))..))))))))......)))))))))...(..((((((((((.....))))))))))..))))))))).(((....))).....))))))))....(((((....)))))...............))))..)))))........)))))))(((((..((((....((((((...((((.....(((....)))....)))).......((((...((((((.(((((((((.(((((((..((..((((((.((((....(((.((((((.((....))...((((......))))..))))))..))).....(((((((((((...(((((((....))))))).))).))))))))....))))))))))..))...)))))))..)))))).)))..))))))..)))).))))))...))))..)))))...))))...(((((((.....((...((..((((....))))..))...))......))))))))))).)))).)))))))))))).))))))).)))).))))))).)))).))).(((((((((.....))))))))).......
Methanococcus fervens (AF056938) ..((((((..((.....(((((....(((((((((((((.....(((.((.(((((.......((((...(((......((.((((..((((..(((((((((((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((.((((......)))))))))))....((....)).))))))))..((((((.(((((((((((((..(((((((((.....)))))))))))))..))))))).))))))))...))))..))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))..)))..))))....((((((...(((((....))))).))))))..))))))).)))...))).))))))))))(((((((((.......)))))))))....)))))((((....((((((((.((....)))))...)))))..)))).))..))))))..........(((((....(((((.(.((((((((((((.(((((((((....((((((((.....))))))))..)))))))))..))))))))...(((((.(....((((((((((.((((((((((((((........)))).)))))))))).))).......((....)).)))))))....).)))))..)))).).))))).))))).(((..((...((((((((((...((((((.(((((((((((...(((.(((((((.((..((((((((((.....))))))))))..))...((....))....))))))).(((((.......(((((....)))))..((((((((((.((.((((..((((.........(((((((((((((((............)))).))))).)).))))...(((((((((........(((.(((((...))))).)))....((((((.....))))))...))))))))).))))...)))).))...)))).)))))))))))...)))..((.(((((((((((((.(((..((((((((....)))))))))))..)))))))..((.(((((.....))))).))...((((((((........))))))))((((.(......).))))....))))))))...)))))))))))...(((((((..((((....))))..)))..))))....)))))))).))))))))..(((((((........))))))).((...(((....((((...((((((((.......))))))))...))))....(((.....)))....)))....))..))..)))..((((((((.((((..((((((((((....))))))))))..))))))))))))...
Pseudomonas sp. Y1000 (X99676) ...((((((((....((((((.((((((.((((..((((((....)))))).))))....((((((..((((.....(((((((.(((.....))).(((((((.((.((((((....))))))......((((.....((((.(((..((..((((((..((....))))))))..((((...(.((.((((..((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))...)))).)).)...)))).)).(((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))...(((((.(((.......(((...((((....))))....(((((((((.(((.((((......((((....)))).....))))......((((((((....((((((((.......))))))))(((((.((((.((.........(((((.((...(((((((((.((....)))))...))))))...)).((.(((((((((......(((((((....(((.((((..((((((((((..(((((((((...((((.((......)).))))..)))))))))...))))))))))...))))......(.(((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...))))).).)))...)))))))......)))))..)))).))..)))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))......))..(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....))))))).((((((.((((..((((....))))...))))...(((((((((((....)))((((.((......)).))))..))))))))....................))))))..)))).)))))....))))))))...((..(..(((((....))..)))..)..))..))).)))))))))..))).(((((((((....)))...(((......)))...))))))....)))...(((((((...(((.((.....)).))).....))))))).)))))..)))))...))).))))..)))).((((((.....)))))).)).)))))))..)))))))......((..((((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))))))..))..)))).))))))..)))))))))))).....((((.((.((...(((((((.........)))))))...)))))))).))))).)))........(((((......))))).((((((..((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))..))))))....
Methanococcus jannaschii (L77117 bases 157984 159459) ((((((.....(((((.((.....)).))))).....((((((((((.(((.(((..(.(((.(((((((..(.(((((.((....)).))))).)..))))))).))).)..))).((((((.((((.((((.(((((.((...(((..(((((((..((((((.......)))))).......((((((((((((.(((((((((........))))))....(((.(((((((((((.....((((..(((..((((....))))..))))))).....)))))...)))))).))).))).))))...)))))))).)).)))))..)))(((((((((((......((.(((((.....))))).))..(((((((..(((((((((((....))))))))..))).)))))))..)))))...((((((..((((......))))..(((....))))))))).))))))..)).))))))))).)))).)))))).))).))))))).)))...)))))).((((((((..(((.(((...((((((((((.((....(((............((.....)).(((((((.((((...((((..........(((..(.(((....))).).))).....))))(((((((.....(((.......)))..(((((((((.....)))))))))......))))))).)))))))))))..)))..))))))))))))..((((((..(((.....(((((.(((((......(((((.((((.....(((((((............((.(((.((((((((......((........))...)))))))).))))).((((......))))....)))))))....(((((((.....((((((.....))))))......))))))).....)))))))))...)))))....))))).......(((((...)))))..((((((.((.....))))))))...)))))))))..((((((((((......((((((.((....))))))))....((....)).)))).)))))).(((((((((..((((.((((....))))...)))).((((....(((.((((((.......(((((((((....))).))).)))......(((((((.........)))))))..(((((..((((.((((((((.......))))))))...))))))))).))))))...(((((((((...............((((((((.((......)).).)))))))..((((((((.((((((........))))))))))))))))))))))).))).)))).......(((((((((((((..((.((((((....)))))).))......))))))))))))).)))))))))...))).)))...))))))))...........


Structure in dataset B (MODENA dataset)

IDStructure
RF00008 Hammerhead_3 .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))).
RF00029 Intron_gpII ..((((((((.(((((....)))))...))))))))..((((.((.................))..)).))..
RF00005 tRNA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).
RF00027 let-7 ((((((.(((((((((((((((((((((..((((...))))...........)))))))))))))))))))))))))))
RF00019 Y_RNA ((((((((.((..((((((((....(((.((.....)).))).........))))))...))..)))))))))).........
RF00014 DsrA ...(((((((.....)))))))...(((((.((((((((.....)))))))).)).))).(((((((.((.....)).)))))))..
RF00006 Vault .(((((.....((((.((((.......((((.....................(((......)))))))...)))))))).....)))))
RF00026 U6 (((((......))).)).....................................................................................
RF00001 5S_rRNA (((((((((....((.(((((...((..((((((.......))..))))..))....)))))..))(((.((..(.((....((....)).....)).).)).))).))))))))).
RF00021 Spot_42 ........((((.(((((.((((((((((((...))))))....))))))))))).))))..........((((((....))))))((((((((((....))))))))))........
RF00020 U5 ..((((..(((((((((((..........((((((((...........))))))))...))))))))))).......)))).................(.((((((......)))))))
RF00016 SNORD14 (((((((((....................................................((((((((............))))))))...............................)))))))))
RF00015 U4 ................((.(((((.(((................))))))))..))....((((...........)))).....(((.((((((((((...)).))))).))).)))...........((((....))))
RF00022 GcvB ........((((..((....((((((..((((((((....))))))))))))))))))))..................................(((((((.....))))))).((((((...))))))...................
RF00002 5_8S_rRNA ........................................(((((((......)))).......(((....((.....))........)))......)))....(((...)))(((((((((.....)))))..)))).............
RF00007 U12 ...(((((..........)))))........((((((((......))))))))(((((.......))))).............(((((..(((((..((..((.(((((.(((((.......))))).)))))...))....))))))))))))
RF00003 U1 ...........((((((((((.(((((..........)))))))))))(((......(((.((..........))..)).).....))).(((.((.((.....)).))..))).))))...............(((((.(((((....))))).))))).
RF00013 6S ..(((((((((((((.(((.............((((.((((((................(((.(((((...(((((((.....((...(((((......)))))..))....)))))))..))))).)))..............)))))).))))...........))))))))))))))))...
RF00004 U2 ......(((.((((....)))).))).....................((((((........)))))).(((((((...)))))))............................((((((((....((((....)))).))))))))..((((((.((((((...........))))))..)))))).......
RF00025 Telomerase-cil .....((.((..........(((...(((.....)))....)))...................................((((((((......)))))))).......)).))......(((((((....(((.(((((.........((((................))))............))))).))))))))))..........
RF00012 U3 ...........................................................................((((..............((((((((((((............((((..(((((((((......))))).))))..))))............(((((.(((((...))))).))))))))))))))))).......)))).
RF00017 SRP_euk_arch ((((((((((......)))))))....(((....)))))).....((((((((..(((((.((.((..(((((((((((((((((((..(((......(((((((.((.(((((.((((.((((.((((((.((((((((.((....)).)))))))).)))))).......(((((......(((....(((......)))....)))....))))).)))).))))..)))))))....))))))).)))..))))))))).....)))))))))).)).)).))).))..))))))))
RF00030 RNase_MRP .((((((((..((((((((.....(((((((.........((((((......................))))))......))))))).........................((((.....))))...........................((((((......)))))).(((.....(((((.....(((........((((((((...))))))))....)))...))))).)))...................................)))))).((((((.................))))))...................)).)))))).))
RF00028 Intron_gpI ....(((((((((..............)))))))))...(((....................))).......................................(((((.((...((((((...((((((..............................................................................))))))..)).))))((...((((....(.(...........).)....))))...))............)).))))).(((((((((....)))))))))...................(((((....)))))..
RF00009 RNaseP_nuc (((((((..........(((((.........((((((......).))))).........)))))........(((((.....((((......(((((.....)))))((((((.......))))))(((((((.............(((..........................................................................................)))........)))))))))))........................(((((((..................))))))).......)))))........)))....))))
RF00010 RNaseP_bact_a ((((((((((((((((((.(((((((((...))))))))).............((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((....((((((....))))))...)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....))))))))..........)))))))...................).))))))))))....
RF00018 CsrB ....................(((.......)))...............(((((.....)))))...........(((((.....))))).........(((((.....))))).........((((.....)))).......(((((..........))))).(((.......))).........................................((.....))..............................................((......))................(((((......)))))..........((((((((((......))))))))))..........
RF00011 RNaseP_bact_b ...(((((((((((.((((((........)))))).............(((((((((.((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((..((((....))))..)).)((.((((....((((...(((....)))..)))).....)))).....(((((............((((((((....))).))))).........)))..))))))))))))))...(((............)))...(((.(((..................))).)))((((((........))))))........))))))).(((((((((..........)))))))))................).)))
RF00024 Telomerase-vert .................((((((((((((..(((((..........................(((((((((.....(((((........(((((((((.................)))))))))...)))))....))))).)))).........................................))))).....))))))))))))..(((((((......((((((((((((((((...(((((.......(((((.((((..(((...............)))...))))))))).(((((...))))).......))))).....))))))))..))))).))).............)))))))..........(((((((((((........(((((..((((........))))..)))))..))))))).))))........